正常的立體顯微鏡倍率不會太高，景深較深，視野內清晰的範圍大，在比一般放大鏡更高的倍率下，通常是7倍至100倍之內，人們可以輕易的透過立體顯微鏡進行極細微的工作。
生物上的應用有：生物解剖、發酵培養、水產研究、養殖配種、組織微觀、昆蟲觀察、病蟲害分析防治等
生物上的應用有：生物解剖、發酵培養、水產研究、養殖配種、組織微觀、昆蟲觀察、病蟲害分析防治等
生活上應用有：模型組裝、微雕、藝術研究、精品古董判定、鑑定防偽、珠寶礦石等
工業上應用有：牙模製作、金工微鑲、工業品管、生產、銲錫、印刷電路板檢查、焊接缺陷、面板像素缺陷等
立體顯微鏡的用途極為廣泛，由於是利用人類雙眼觀察物體時的視角度差異，建立距離感(立體感)，所以也算是一種仿生科學，讓人類的生活上能夠看見更細微的世界，了解更多。